Sau năm 1954, địa bàn phường Phương Đông hiện nay là một phần xã Yên Thanh thuộc huyện Yên Hưng.

Ngày 8 tháng 10 năm 1957, Ủy ban Hành chính khu Hồng Quảng ra Quyết định số 2193-TCCB chia xã Yên Thanh thành hai xã Yên Thanh và Yên Trung.

• Xã Yên Trung có 4 thôn: Bí Thượng, Bí Trung, Tân Lập, Cửa Ngăn.
• Xã Yên Thanh có 5 thôn: Điền Công, Lạc Trung, Lạc Thanh, Đồng Lối, Bí Giàng và 2 xóm: Khe Cát, Dương Ca.[3]

Ngày 28 tháng 10 năm 1961, Hội đồng Chính phủ ban hành Nghị định số 181-CP. Theo đó, thành lập xã Phương Đông thuộc huyện Yên Hưng trên cơ sở sáp nhập xã Yên Trung và hai thôn Bí Giàng, Lạc Thanh thuộc xã Yên Thanh.[4]

Ngày 26 tháng 9 năm 1966, xã Phương Đông được sáp nhập vào thị xã Uông Bí.[5]

Ngày 25 tháng 8 năm 1999, Chính phủ ban hành Nghị định số 83/1999/NĐ-CP[6]. Theo đó, thành lập phường Yên Thanh trên cơ sở 1.626 ha diện tích tự nhiên và 6.969 người của xã Phương Đông.

Sau khi điều chỉnh địa giới hành chính, xã Phương Đông còn lại 2.466,9 ha diện tích tự nhiên và 10.064 người.

Ngày 24 tháng 8 năm 2011, Chính phủ ban hành Nghị quyết số 89/NQ-CP[1]. Theo đó, thành lập phường Phương Đông trên cơ sở toàn bộ 2.397,81 ha diện tích tự nhiên và 12.568 người của xã Phương Đông.